Patrick HOULIER

Je vais commencer par vous parler de Guilaine, ma lumineuse Attachée de presse. Nous échangeons beaucoup autour du microbiote, cet « organe » que Guilaine connait grâce à ces deux chats, dont la petite Scarlett (belle Bengal au pelage de jaguar). Au cours de nos échanges, j’ai évoqué que les plantes possèdent un microbiote, comme l’humain ou le chat, et Guilaine m’a demandé : « Les plantes ? Même une carotte ?! ». Évidemment, tous les végétaux ont un microbiote…, et même les villes !

Les résultats d’une étude publiée dans Cells montrent que chaque ville du Monde possède un microbiome spécifique ou « signature ADN microbienne ». Les germes prélevés dans les transports en commun de différentes villes révèlent d’une grande diversité, plusieurs milliers d’espèces, avec seulement une trentaine de bactéries communes à toutes les villes : on parle de « urban panmicrobiome », le préfixe « pan » indiquant l’idée de globalité. Ces bactéries urbaines proviennent des humains vivant dans ces environnements, comme le germe commensal de la peau Cutibacterium acnes. Progressivement, même si elles sont d’origine humaine, ces bactéries ont développé de fortes capacités d’adaptation leur permettant de vivre et de se reproduire sur les surfaces inertes des villes, murs, équipements, véhicules…

Il existe ainsi une corrélation entre les microbiotes des habitants d’une ville donnée et le microbiome qui caractérise cette même ville. Autrement dit, chaque ville est représentée par une population, avec ses habitudes alimentaires, et par un environnement spécifique : climat, altitude, densité, industrialisation… : ceci définit globalement un pool microbiotique humain, et par conséquence, un microbiome typique de la ville. Par exemple, les villes à forte densité de population et générant une activité humaine importante ont un microbiome traduisant un « stress ».

Pour autant, même si les microbiomes urbains découlent des microbiotes humains, il faut considérer ces entités microbiennes comme des niches écologiques distinctes et durables. Chacun de nous peut être identifié par l’ADN unique de son microbiote, et de la même façon, chaque ville peut être reconnue par son microbiome singulier. Et même, en analysant le microbiome des vêtements d’un individu, il serait possible de définir sa ville d’origine.