Patrick HOULIER

« En 50 ans, l’humain a perdu 50 % de son microbiote en diversité ». Pour comprendre cette phrase, qui relève plus de l’aphorisme que de la science, il faut bien sûr se référer aux populations traditionnelles, éloignées du monde industrialisé : ces populations possèdent globalement un microbiote deux fois plus riche que les personnes vivant de façon occidentalisée.

Les causes de cette différence sont bien connues : conditions sanitaires, alimentation, mode d’accouchement, vie en groupe… Dans les populations traditionnelles, chaque individu est en contact permanent avec une quantité et une variété importante de bactéries, et cette promiscuité s’inscrit dans un temps long, il en a toujours été ainsi. Ces personnes bénéficient d’une symbiose forte et enrichissante, d’inspiration multimillénaire. L’individu peut être considéré comme un mini-écosystème « humain/microbiote », et la diversité de cet « écosystème individuel » est appelée « diversité alpha ». La diversité alpha est forte chez les populations traditionnelles, et a contrario, réduite dans nos pays industrialisés « hygiénisés ».

Mais il existe également une autre diversité, dite « diversité bêta », qui ne concerne plus la diversité individuelle du microbiote, mais la diversité entre tous les microbiotes d’un groupe donné. Le mode de vie des populations traditionnelles favorise les échanges, les contacts, les activités communes, les regroupements…, ce qui contribue à une forte transmission horizontale de micro-organismes. Autrement dit, il existe un brassage important des microbes entre l’ensemble des individus, aboutissant à une forte proportion de germes communs. Avec cette uniformisation, les microbiotes se ressemblent : la diversité-bêta est faible. A l’inverse, dans les pays occidentalisés, les gens vivent de façon isolée, au sein de groupes homogènes ayant les mêmes habitudes, les mêmes usages : la transmission de germes est réduite entre les individus. Les microbiotes occidentaux présentent une forte spécificité individuelle, c’est-à-dire peu de germes communs avec les voisins : la diversité-bêta est forte dans les zones urbaines ou industrialisées. Chacun chez soi et chacun son microbiote.

Le rétrécissement du microbiote occidental va de pair avec le rétrécissement des rapports sociaux.